Die anspruchsvolle Wanderung beginnt im kleinen Dorf Mittewald (801 m), direkt an der Brennerbahnlinie. Vom Ortskern (Gasthof zur Brücke) wandert man der Straße und dem Fahrweg (Markierung Nr. 16) zuerst in südliche Richtung in das Flaggertal hinein. Mäßig ansteigend führt der Weg an der Unteren und Oberen Flaggeralm (1.605 m) vorbei, bevor ein langer Aufstieg zur Inneren Flaggeralm auf 1.939 m folgt. Nach dem ebenen Boden der Inneren Flaggeralm erreicht man die Schafalm (2.046 m) und wandert taleinwärts, stets dem Verlauf des Flaggerbaches (immer noch mit Nr. 16 markiert) folgend, über freies Gelände und abschließend ziemlich steil ansteigend zur Flaggerscharte. Direkt in der Scharte liegt die kleine Flaggerschartenhütte (Marburger Hütte/Ital.: Rifugio Forcella Vallaga) und der Flaggersee (2.481 m). Die Hütte ist Stützpunkt der sogenannten Sarntaler Hufeisentour, die in sechs bis sieben Tagen den Ost- und Westkamm der Sarntaler Alpen durchquert.Der Abstieg erfolgt entlang der Aufstiegsroute.