A sud del chiostro si trova la cappella di San Giovanni con il suo esterno discreto, in origine probabilmente la cappella  di casa del vescovo, poi il battistero. Si sviluppa su due piani ed è decorata con preziosi affreschi romanici (1250), del primo periodo (1320 circa) e del tardo gotico (I secolo del XV). Secondo la tradizione, il Sinodo dei Vescovi si riunì qui nel 1048, che l’imperatore Enrico IV aveva convocato nel corso della controversia sugli investimenti per far deporre Papa Gregorio VII ed elevare Clemente III al rango di antipapa.